Todos os medidores de caudal requerem uma calibração inicial. Maior parte das vezes, o instrumento é calibrado pelo fabricante para as condições específicas do trabalho. No entanto, se houver pessoal especializado na fábrica onde vai ser usado o medidor, a calibração pode ser feita pelo utilizador. A necessidade de recalibrar, depende de como o medidor se ajusta à aplicação. Alguns líquidos, ao passar no medidor de caudal, tendem a ser abrasivos, erosivos ou corrosivos. Com o tempo, parte do instrumento começa a deteriorar-se de maneira a afectar o seu desempenho.

Se a aplicação é crítica, a exactidão do medidor deve ser inspeccionada em curtos intervalos de tempo. Há casos em que a recalibração não é necessária durante anos porque a aplicação não é crítica ou porque nada afecta o desempenho do instrumento.

Um dos aspectos a ter em conta é o sentido do fluido, que se pode efectuar em ambas as direcções. Caso se inverta a direcção do fluido, a calibração do caudalímetro electromagnético deverá ser efectuada com o zero ao centro, por exemplo 4mA para -30 l/s e 20 mA para +30 l/s. Consequentemente a corrente de saída será de 12 mA para 0 l/s.

Alguns medidores de caudal requerem equipamento especial para a calibração.